Woody Plant Ontology

L’ontologie des plantes ligneuses (Woody Plant Ontology) énumère les variables de référence utilisées pour les expérimentations et les observations sur les plantes ligneuses (arbres et arbustes forestiers, et dans certains cas arbres fruitiers). Créée par l’URGI, elle est issue d’une initiative internationale basée sur différentes communautés (française, portugaise et européenne). Les termes sont recueillis auprès de diverses sources et organisés selon la norme Crop Ontology où chaque variable est composée d’un triplet :

  1. un caractère, le caractère étudié,
  2. une méthode, le protocole de mesure et
  3. une échelle, l’unité de mesure ou l’échelle de notation.

[image: ©Jean-Marie BOSSENNEC – Inra] Continuer la lecture

Agri-Food Experiment Ontology (AFEO)

L’Agri-Food Experiment Ontology (AFEO) est une ontologie générique qui modélise la chaîne agro-alimentaire depuis la production de la biomasse jusqu’au produit fini, après transformation. Elle est le résultat de l’intégration et de l’extension de deux ontologies existantes, soit OAE (Agricultural Experiments Ontology) et OFPE (Ontology for Food Processing Experiment) également produites à l’Inra.

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Ontology for Experimental Phenotypic Objects (OEPO)

L’Ontologie des Objets Phénotypiques Expérimentaux (OEPO) permet d’attribuer des types à des objets impliqués dans des expériences de phénotypage. Par exemple, l’organisation et le contexte de l’expérimentation, le type d’environnement, le matériel génétique utilisé, et les objets physiques étudiés. Elle définit également une hiérarchie de spécialisation entre ces objets en fonction des spécificités des installations et des expériences. Continuer la lecture

L’ontologie du noyer (Walnut Trait Ontology)


L’ontologie du noyer rassemble les traits et variables phénotypiques pour l’évaluation du noyer.

Ces caractères concernent la phénologie, la noix en coque et le cerneau. Ils proviennent des Descripteurs de la noix, IPGRI, 1994 ou ont été adaptés ou développés par Eric Germain.

Cette ontologie est utilisée dans le cadre d’essais de phénotypage menés à l’INRA de Bordeaux ainsi que sur les deux stations expérimentales de Creysse et de SENuRA, sur 150 accessions de noyer, entre 1965 et 2016. Ces données expérimentales ont été collectées dans l’objectif d’améliorer les connaissances pour mieux gérer les ressources génétiques. En outre, elles peuvent être utilisées pour des études phénologiques multi-site dans le contexte du changement climatique.