Ontology for Experimental Phenotypic Objects

L’Ontologie des Objets Phénotypiques Expérimentaux (OEPO) permet d’attribuer des types à des objets impliqués dans des expériences de phénotypage. Par exemple, l’organisation et le contexte de l’expérimentation, le type d’environnement, le matériel génétique utilisé, et les objets physiques étudiés. Elle définit également une hiérarchie de spécialisation entre ces objets en fonction des spécificités des installations et des expériences. Lire la suite

L’ontologie du noyer (Walnut Trait Ontology)


L’ontologie du noyer rassemble les traits et variables phénotypiques pour l’évaluation du noyer.

Ces caractères concernent la phénologie, la noix en coque et le cerneau. Ils proviennent des Descripteurs de la noix, IPGRI, 1994 ou ont été adaptés ou développés par Eric Germain.

Cette ontologie est utilisée dans le cadre d’essais de phénotypage menés à l’INRA de Bordeaux ainsi que sur les deux stations expérimentales de Creysse et de SENuRA, sur 150 accessions de noyer, entre 1965 et 2016. Ces données expérimentales ont été collectées dans l’objectif d’améliorer les connaissances pour mieux gérer les ressources génétiques. En outre, elles peuvent être utilisées pour des études phénologiques multi-site dans le contexte du changement climatique.

Terminologie des descripteurs des pains français

La terminologie AsCoPain-T définit les descripteurs qualité utilisés usuellement par les professionnels de la panification et ceux issus des travaux scientifiques. Son objectif est d’établir un lien entre terminologies professionnelles et scientifiques ; le langage employé pour caractériser les mêmes opérations de la transformation et les nécessaires observations de la pâte étant très varié. La terminologie AsCoPain-T est issue d’un travail préalable de recueil de connaissances dans le cadre du projet INRA AsCoPain qui a permis d’intégrer les relations entre des variables de contrôle du procédé de panification et des états de la pâte et du pain dans un système expert de prédiction de l’état de la pâte tout au long de l’opération de pétrissage. Ce travail a aussi produit un glossaire terminologique publié dans un document référencé par la FAO (voir http://prodinra.inra.fr/record/48319). L’adaptation de son contenu aux standards du web sémantique permet d’envisager de nouveaux usages de la terminologie, notamment son utilisation par des programmes informatiques. La terminologie est disponible en français et une version en anglais est en projet.

DOI : 10.15454/1.5077147058936785E12

Animal Diseases Ontology

L’ontologie des maladies animales est un référentiel de maladies touchant des animaux de rente et d’agents pathogènes ainsi que des relations qu’ils entretiennent. Ce référentiel est en français avec des équivalents anglais. Il contient plus de 500 couples maladie-hôtes et plus de 500 agents pathogènes associés. Il a été constitué au fil des ans par un travail de veille réglementaire à l’INRA.

Une particularité est qu’il existe un concept pour chaque paire maladie-hôte (hôte pouvant être « bovin » ou un groupe comme « ovin-caprin »). Deux raisons expliquent ce choix: 1) il peut exister des dénominations particulières pour une maladie touchant un hôte particulier, e.g. « stonebrood » pour l’Aspergillose chez les abeilles; 2) nous avons choisi de conserver l’organisation d’origine de la base réglementaire dont le contenu diverge d’un hôte à l’autre pour une même maladie.

DOI : 10.15454/1.44525654526207E12